VS2012のバグなのか、何か見落としたのかはわかりませんが、[新しいアイテムの追加]メニューにテンプレートを表示する方法は次のとおりです。
1:最初に作成したテンプレートを解凍しました。
2:VisualStudio2012に付属している既定のテンプレートを開きました。
C:\ Program Files(x86)\ Microsoft Visual Studio 11.0 \ Common7 \ IDE \ ItemTemplates \ CSharp \ Windows Store \ 1033 \ BlankPage
3:BlankPage.vstemplateをMyTemplate.vstemplateと比較しました。テンプレートファイルを次のようにしました。
<VSTemplate Version="3.0.0" xmlns="http://schemas.microsoft.com/developer/vstemplate/2005"
xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://schemas.microsoft.com/developer/vstemplate/2005" Type="Item">
<TemplateData>
<DefaultName>CustomStoryPage.xaml</DefaultName>
<Name>CustomStoryPage</Name>
<Description>Template for custom storypage</Description>
<TemplateID>Microsoft.CS.WinRT.CustomStoryPage</TemplateID>
<TemplateGroupID>WinRT-Managed</TemplateGroupID>
<ProjectType>CSharp</ProjectType>
<SortOrder>10</SortOrder>
<TargetPlatformName>Windows</TargetPlatformName>
<RequiredPlatformVersion>8</RequiredPlatformVersion>
</TemplateData>
<TemplateContent>
<References />
<ProjectItem ItemType="Page" SubType="Designer" CustomTool="MSBuild:Compile" TargetFileName="$fileinputname$.xaml" ReplaceParameters="true">StoryPageTemplate.xaml</ProjectItem>
<ProjectItem SubType="Code" TargetFileName="$fileinputname$.xaml.cs" ReplaceParameters="true">StoryPageTemplate.xaml.cs</ProjectItem>
</TemplateContent>
</VSTemplate>
4:フォルダを再度zip形式で圧縮します。
上記では不要なものもありますが、今のところ問題は修正されています。正確に必要なアイテムを見つけるために、1つずつ行う必要があります。