ティム・ポープのgithubリポジトリにあるセットアップガイドに従って、Windowsでgvimを使用して病原体.vimの操作を開始しました。
ただし、病原体＃infect（）がランタイムパスを変更していないように見えるという問題が発生しています（:echo &runtimepathgvimで実行すると表示されます）。
私が思いついた簡単なテストケース_vimrcは次のとおりです。病原体は問題なくロードされることに注意してください。
"Set a base directory.
let $BASE_DIR='H:\development\github\vimrc'
"Source pathogen since it's not in the normal autoload directory.
source $BASE_DIR\autoload\pathogen.vim
"Start up pathogen
call pathogen#infect()
"call pathogen#infect('$BASE_DIR\functions')
引数なしで実行pathogen#infect()することも（vimfilesディレクトリの下にbundlesディレクトリを追加する必要があります）、ファイルを含むディレクトリを指定することもできません。
呼び出しpathogen#infect()をpathogen#runtime_prepend_subdirectories('$BASE_DIR\functions')、に置き換えます。これはpathogen#infect()、ランタイムパスの変更にも失敗します。
私が見逃したアイデアはありますか？役立つ情報は他にありますか？
自明ではない例の私のリポジトリはここにあります。
編集
qqxで述べたように、感染したディレクトリの下にディレクトリを作成することに加えて、Vimがvimファイルを自動的にロードするプラグインと色にそれらのディレクトリの名前を変更しました。