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私は現在、Python Dendropyライブラリを使用して、コード内にいくつかのPAUPコマンドを含めようとしています。

Pythonライブラリに記載されているチュートリアルを使用していますが、エラーが発生します。

だから私がやっていることは、距離行列から木を推定しようとしていることです：

距離行列A（Numpy配列）

[[ 0  2  7  8 16 17]
 [ 2  0  5  6 17 16]
 [ 7  5  0  9 15 13]
 [ 8  6  9  0 18 16]
 [16 17 15 18  0  5]
 [17 16 13 16  5  0]]

import dendropy
from dendropy.interpop import paup     

#A is a distance matrix like this    

tree = paup.estimate_tree(A, 'nj')

私が得ているエラーは次のとおりです。ImportError: No module named interpop

マシンにPAUPをインストールしましたが、チュートリアルでは追加のモジュールのインストールについて説明していません。

どんな助けでもいただければ幸いです。

編集 これはNUMPY配列で機能しますか？numpy配列でエラーが発生するようですので..そしてこの問題を解決する方法は??

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1 に答える 1

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を使用してみてくださいfrom dendropy.interop import paup（マイナスpin interpop）。私はこの答えを書いて2回タイプミスしたので、それがエラーの原因である場合、それは理解できるものです:)

于 2012-11-14T10:08:05.820 に答える