python - Dendropy 相互運用と numpy 配列

Question

現在、python Dendropy ライブラリを使用して、コード内にいくつかの PAUP コマンドを含めようとしています。

行列をnumpy配列として持っていますが、numpy配列とこのモジュールに問題があるようです。

***Distance matrix A (Numpy array)***

[[ 0  2  7  8 16 17]
 [ 2  0  5  6 17 16]
 [ 7  5  0  9 15 13]
 [ 8  6  9  0 18 16]
 [16 17 15 18  0  5]
 [17 16 13 16  5  0]]

私は以下を使用してnumpy配列からnumpy行列に変換しようとしました:A=numpy.matrix(A)

import dendropy
from dendropy.interop import paup     

#A is a distance matrix like this    

tree = paup.estimate_tree(A, 'nj')

私が得ているエラーは次のとおりです。AttributeError: 'matrix' object has no attribute 'write_to_stream'

また ：

AttributeError: 'numpy.ndarray' object has no attribute 'write_to_stream'

どんな助けでも大歓迎です。

Answer 1

私はDendroPyを使用したことがありませんが、報告されたエラーとDendroPyドキュメント（例：http： //packages.python.org/DendroPy/tutorial/chars.htmlおよびhttp：// packages.python.org/DendroPy/tutorial/paup.html）、NumPy配列やマトリックスではなくestimate_tree、ある種のCharacterMatrixオブジェクト（DendroPyで定義されたクラス）を期待します。