6GBの物理メモリを予約qsub
するなどのオプションを使用して、必要な物理メモリなどのリソース制限を設定できます。-l h_vmem=6G
ファイル ブロックについてh_fsize
も、適切な値を設定できます。
qconf マンページの RESOURCE LIMITS セクションを参照してください。
http://gridscheduler.sourceforge.net/htmlman/htmlman5/queue_conf.html
s_cpu The per-process CPU time limit in seconds.
s_core The per-process maximum core file size in bytes.
s_data The per-process maximum memory limit in bytes.
s_vmem The same as s_data (if both are set the minimum is
used).
h_cpu The per-job CPU time limit in seconds.
h_data The per-job maximum memory limit in bytes.
h_vmem The same as h_data (if both are set the minimum is
used).
h_fsize The total number of disk blocks that this job can
create.
また、クラスターが各ノードにローカル TMPDIR を使用していて、それがいっぱいになっている場合は、TMPDIR をより容量のある別の場所 (NFS 共有など) に設定できます。
export TEMPDIR=<some NFS mounted directory>
次に、現在の環境をジョブにエクスポートするオプションを使用して起動qsub
します。-V
上記の 1 つまたは組み合わせが、問題の解決に役立つ場合があります。