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mysql と PDO の db 接続がある場合、両方が同じ db に接続し、同じユーザー/パス情報がすべて同時に開かれます。SHOW PROCESSLISTSQL コマンド ラインで を実行すると、両方の接続が表示されますか?
SHOW PROCESSLIST
はい、もちろん、PDO と mysql は異なるドライバーを使用し、MySQL データベースへの接続中にそれぞれ独自のセッションを持っているためです。