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私はしばらく前から Enthought Python ディストリビューション (アカデミック バージョン) を使用してきましたが、プロジェクト用にいくつかの追加パッケージをインストールしようとしており、コマンド ラインの経験が比較的浅いために生じた問題に直面しています。

これらは:

  • コパシ
  • libSBML
  • StochPy

最後のものはうまくいきました。シンプルpython setup.py installで、すべてがうまくいっているようです。しかし、COPASIもlibSBMLも機能していないようです。

それらのいずれかをインポートすると、「ImportError: COPASI/libsbml という名前のモジュールがありません」というネッティングになります。

ここの指示に従ってlibSBMLをインストールしました。そして、この提案された回避策を使用して、Enthoughtで動作させましたが、役に立ちませんでした。COPASI については、指示に従って COPASI をインストールし、Python バインディングについては次の指示に従いました。

Java バインディングのバイナリー・パッケージをダウンロードしたら、それを解凍する必要があります。copasi_python というディレクトリに展開されます。このディレクトリには、ネイティブ ライブラリ、python ファイル、ドキュメント ファイル、およびライセンス ファイルが含まれています。また、バインドが機能しているかどうかを確認するために使用できる多くの unittests を含む unittests というディレクトリも含まれています。

単体テストを実行するには、まず PYTHONPATH 環境変数を、ネイティブ ライブラリと COPASI.py ファイルが配置されているディレクトリに設定する必要があります。unittests ディレクトリに移動すると、ディレクトリ内のすべての unittest を実行する runTests.py というファイルが見つかります。

編集した .bash_profile ファイルは次のようになります。

export PATH="/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/Current/bin:${PATH}"
export PYTHONPATH=/usr/local/lib/python2.7/site-packages
export PYTHONPATH=/Applications/COPASI/copasi35_python27_macosx107_x64:$PYTHONPATH

1 行目は EPD をデフォルトの Python インタープリターにするためのもので、2 行目は上記で提案された回避策の結果であり、3 行目は COPASI の指示によるものです。私が間違っていることは何か分かりますか?

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