bash - SGEの変数名は無効ですが、ローカルではありません。

Question

samtoolsmpileupを実行している短いbashスクリプトがあります。ローカルでは正常に動作しますが、SGEで実行しようとすると、「不正な変数名」のフィードバックが表示されます。

#!/bin/bash
for f in $(find /bed_files  -name '*.bed' )
do 
name=$(echo $f | awk 'gsub("/", "_")')
name2=$(echo $name | awk 'gsub("_bed_files_", "")')
name3=$(echo $name2 | awk 'gsub(".bed", "")')
samtools runs here 
done

SGE変数の構文はbashとは異なりますか？

Answer 1

はい、最初の行を次のように変更する必要がありました。

 #$ -S /bin/sh