サービス インターフェイスで jibx2wsdl を実行すると、例外の名前が Fault に変更されます。例: InvalidEmployeeException は InvalidEmployeeFault になります。
ドキュメントによると、これは一部の軸要件に対処するために行われています。この動作をオーバーライドできる org.jibx.ws.wsdl.tools.custom.FaultCustom クラスがあります。ただし、wsdl カスタマイズで faultCustom プロパティを指定するための規定はありません。
問題の回避策が他にある場合は、元に戻してください。