しばらくの間 rbenv を使用していますが、ruby コマンドを実行するたびに、または rake タスクを起動するたびに、この警告が表示され始めます。
/Users/.../.rbenv/shims/ruby: line 1: ge#!/usr/bin/env: No such file or directory
また
/Users/.../.rbenv/shims/rake: line 1: ge#!/usr/bin/env: No such file or directory
そしてもちろん、/usr/bin/env実際に存在し、機能します。