WebGL は OpenGL-ES に基づいていますが、GL コンテキストのコンテナーである HTML5 Canvas で記述されているという違いがあります。また、GL コンテキスト対応の Canvas DOM を介して利用できる JavaScript 関数の新しいセットを定義します。
OpenGL-ES は、プラットフォームに依存しないレンダリング API の仕様です。ブラウザーと HTML5 キャンバスはプラットフォームであり、WebGL はこのプラットフォーム用の OpenGL-ES-2 の派生物です。