これは、JInternalFrame の paint メソッドが使用する AlphaComposite を変更することで実現できます。ただし、面白い副作用が発生しないように、透明コンポーネントの位置に含まれる最上位ウィンドウを再描画するように注意する必要があります。例えば:
import java.awt.*;
import javax.swing.*;
import javax.swing.event.ChangeEvent;
import javax.swing.event.ChangeListener;
@SuppressWarnings("serial")
public class TransparentInternalFrame extends JDesktopPane {
   private static final Color COLOR_1 = Color.red;
   private static final Color COLOR_2 = Color.blue;
   private static final float PT_2 = 30f;
   private static final int PREF_W = 800;
   private static final int PREF_H = 500;
   public TransparentInternalFrame() {
      add(new MyInternalFrame("Foo", 50, 50, 300, 300, 0.2f));
      add(new MyInternalFrame("Foo", 400, 100, 300, 300, 0.4f));
   }
   @Override
   protected void paintComponent(Graphics g) {
      super.paintComponent(g);
      Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
      g2.setPaint(new GradientPaint(0, 0, COLOR_1, PT_2, PT_2, COLOR_2, true));
      g2.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
   }
   @Override
   public Dimension getPreferredSize() {
      return new Dimension(PREF_W, PREF_H);
   }
   private static void createAndShowGui() {
      TransparentInternalFrame mainPanel = new TransparentInternalFrame();
      JFrame frame = new JFrame("TransparentInternalFrame");
      frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
      frame.getContentPane().add(mainPanel);
      frame.pack();
      frame.setLocationByPlatform(true);
      frame.setVisible(true);
   }
   public static void main(String[] args) {
      SwingUtilities.invokeLater(new Runnable() {
         public void run() {
            createAndShowGui();
         }
      });
   }
}
@SuppressWarnings("serial")
class MyInternalFrame extends JInternalFrame {
   private AlphaComposite comp = AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER, 0.5f);
   public MyInternalFrame(String title, int x, int y, int w, int h, final float alpha) {
      super(title);
      setClosable(true);
      setBounds(x, y, w, h);
      setVisible(true);
      int sliderValue = (int) (alpha * 100);
      comp = comp.derive(alpha);
      final JSlider slider = new JSlider(0, 100, sliderValue);
      slider.setMajorTickSpacing(20);
      slider.setMinorTickSpacing(5);
      slider.setPaintLabels(true);
      slider.setPaintTicks(true);
      slider.setBorder(BorderFactory.createTitledBorder("Alpha Value"));
      slider.addChangeListener(new ChangeListener() {
         @Override
         public void stateChanged(ChangeEvent cEvt) {
            float alpha = (float) slider.getValue() / 100f;
            setAlpha(alpha);
            MyInternalFrame.this.repaint();
            Window win = SwingUtilities.getWindowAncestor(MyInternalFrame.this);
            win.repaint();
         }
      });
      add(new JLabel("My Label", SwingConstants.CENTER));
      add(slider, BorderLayout.SOUTH);
   }
   @Override
   public void paint(Graphics g) {
      Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
      g2.setComposite(comp);
      super.paint(g);
   }
   public void setAlpha(float alpha) {
      comp = comp.derive(alpha);
   }
}

ただし、このプログラムは完全には修正されていないことに注意してください。JInternalFrame を別の JInternalFrame の上にドラッグすると、ピクセル エラーが表示されます。私はまだバグを解決する必要があります...