$row2 変数ごとに検索を行う必要があるため、$row1 列と等しくない列があるかどうかを確認できます。
これは私が試したものです、
$result1 = mysql_query('SELECT gpu FROM ng2s3_content');
$result2 = mysql_query("SELECT gpu FROM bigc3_gpu");
while ($row1 = mysql_fetch_array($result1)) {
while ($row2 = mysql_fetch_array($result2)) {
foreach ($row2 as $ar) {
if ($ar == $row1[0]) {
}
else {
echo $ar;
}
}
}
}