/ runconfigファイルを指定しなくても、MSTest.exeを問題なく実行しています。ただし、構成ファイル(まったく同じファイルですが、場所が異なります)を指定するとすぐに、テストは次のように出力します。
Loading C:\myapp\conf\unit-test-local\App.config...
C:\myapp\conf\unit-test-local\App.config
C:\myapp\conf\unit-test-local\App.config
/ runconfigを指定せずにコマンドを実行すると、コマンドは正しく実行され、次のように表示されます。
Loading C:\myapp\src\UnitTests\bin\Debug\UnitTests.dll...
意図的に間違ったファイル名を入力すると文句を言うので、間違いなくApp.configファイルを見つけています。confディレクトリのApp.configは、/runconfigを指定しない場合に使用されるものの正確なコピーです。