1

私は現在、いくつかのコードを書いています

  1. API 経由でサーバーに接続し、一連のデータを取得します。
  2. そのデータをケース ID 別に整理し、
  3. 個別の症例報告を作成し、
  4. ケースごとに 1 つの pdf (ケース概要) ファイルを作成し、最後に
  5. これらのファイルをサーバーにプッシュします。

私はRに精通しており、pdflatexにもある程度精通しています。私は Ubuntu 環境で作業を始めたので、bash スクリプトについて知りましたが、どのプログラムがその仕事に最も適しているかは簡単ではないことに気付き始めています。

私の現在の計画は、R で RCrul を使用してデータを取得し、R でデータを整理して、一連の .tex ファイルを生成することです。今後、pdflatexを使用してpdfファイルを作成し、最後にRを再度使用して、新しく作成したpdfファイルをサーバーにプッシュする予定です。小さなbashスクリプトを書き始めました。

for f in *Rnw
do
# do something on ${f%%.*}
Rscript -e “source("fetch.data.and.generate.Rnw.R")”             # 1 through 3 
Rscript -e "library(knitr); knit('${f%%.*}.Rnw')"                # 4
pdflatex "${f%%.*}.tex"                                          # 4 continued
rm "${f%%.*}.tex" "${f%%.*}.aux" "${f%%.*}.log" "${f%%.*}.out"   # cleanup after 4
Rscript -e “source("push.pdf.R")”                                # 5
done

仕事の個々の部分に最適なソフトウェアと、最高のパフォーマンスを発揮するソフトウェアについて誰かがアドバイスしてくれることを願っていました.

データはそれほど広範囲ではありません。約 500 から 2000 のケースと約 20 から 30 の変数を使用します。

4

1 に答える 1

1

@flodel と @shellter は素晴らしい点です。ソリューションで bash を使用し続けることにした場合は、ファイル名変数を一度計算してから、それを別の場所で使用する方が簡単であることに気付くかもしれません。

for f in *Rnw; do
    stem="${f%%.*}"
    Rscript commands with $stem
    pdflatex command involving $stem
    Rscript commands for pushing $stem.pdf
    rm $stem.*
end
于 2012-12-07T19:00:44.013 に答える