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Bowtieは、tophat に必要なプログラムです。参照ゲノムに対して数億の読み取りをマッピングするには、このプログラムが必要です。Bowtie はマッピング部分を行います。これには多くの CPU が必要です。bowtie のマニュアルには、これをマルチスレッド化するオプションがありますが、ライブラリ PThread をインストールする必要があります。

このウェブサイトから PThread をダウンロードしました。これを私のプログラムフォルダに解凍し、シェルを開いてこのディレクトリに立っていました。コマンド「make」を入力すると、このエラーが発生し、これを解決する方法がわかりません。

if /bin/sh ./libtool --tag=CXX --mode=compile g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -私。-私。-Wall -g -O2 -MT PThreadRun.lo -MD -MP -MF ".deps/PThreadRun.Tpo" -c -o PThreadRun.lo PThreadRun.cpp; \

次に mv -f ".deps/PThreadRun.Tpo" ".deps/PThreadRun.Plo"; そうでなければ rm -f ".deps/PThreadRun.Tpo"; 出口1; フィ

g++ -DHAVE_CONFIG_H -I. -私。-私。-Wall -g -O2 -MT PThreadRun.lo -MD -MP -MF .deps/PThreadRun.Tpo -c PThreadRun.cpp -fPIC -DPIC -o .libs/PThreadRun.o PThreadRun.cpp: メンバ関数 'pthread_t PThreadRun 内：：始める（）'：

PThreadRun.cpp:28:38: エラー: 'redirectPthreadRun' はこのスコープで宣言されていませんでした

make: * [PThreadRun.lo] エラー 1

make: ディレクトリ `/install_dir' を離れます

make: * [全再帰] エラー 1

make: ディレクトリ `/install_dir' を離れます

make: * [すべて] エラー 2

誰でもこれを解決する方法を知っていますか?

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最初に configure を実行する必要があります。インストール手順に従って：

これらは一般的なインストール手順です。

パッケージのconfigure' shell script attempts to guess correct values for various system-dependent variables used during compilation. It uses those values to create a各ディレクトリにある Makefile '。.h' files containing system-dependent definitions. Finally, it creates a shell scriptまた、現在の構成を再作成するために将来実行できる1 つ以上のconfig.status' とファイルconfig.log' containing compiler output (useful mainly for debuggingconfigure') を作成する場合もあります。

また、オプションのファイル (通常はconfig.cache' and enabled with--cache-file=config.cache' または単に `-C' と呼ばれる) を使用して、テストの結果を保存し、再構成を高速化することもできます。(古いキャッシュ ファイルを誤って使用することによる問題を防ぐために、キャッシュは既定で無効になっています。)

configure' could check whether to do them, and mail diffs or instructions to the address given in theパッケージをコンパイルするために通常とは異なることを行う必要がある場合は、次のリリースで検討できるように、READMEを調べてみてください。キャッシュを使用していて、ある時点で「config.cache」に保持したくない結果が含まれている場合は、それを削除または編集できます。

ファイルconfigure.ac' (orconfigure.in') は、 configure' by a program calledautoconf' を作成するために使用されます。configure.ac' if you want to change it or regenerate`autoconf' の新しいバージョンを使って configureするだけです 。

このパッケージをコンパイルする最も簡単な方法は次のとおりです。

  1. cd' to the directory containing the package's source code and type ./configure' を使用して、システムのパッケージを構成します。代わりに sh ./configure' を使用してconfigure' 自体csh' on an old version of System V, you might need to type を防止している場合。csh' from trying to execute

    「configure」の実行には時間がかかります。実行中に、チェックしている機能を示すいくつかのメッセージを出力します。

  2. パッケージをコンパイルするには、「make」と入力します。

  3. 必要に応じて、「make check」と入力して、パッケージに付属のセルフ テストを実行します。

  4. 「make install」と入力して、プログラム、データ ファイル、ドキュメントをインストールします。

  5. make clean'. To also remove the files thatconfigure' created と入力して (別の種類のコンピューター用にパッケージをコンパイルできるように) 、ソース コード ディレクトリからプログラム バイナリとオブジェクト ファイルを削除できmake distclean'. There is also aます。開発者。それを使用する場合、ディストリビューションに付属のファイルを再生成するために、あらゆる種類の他のプログラムを取得する必要がある場合があります。

于 2012-11-27T12:16:48.433 に答える