ブール索引付けを使用できます。
In [82]: a = np.random.randint(-5, 5, 100)
In [83]: a
Out[83]:
array([-2, -1, 4, -3, 1, -2, 2, -1, 2, -1, -3, 3, -3, -4, 1, 2, 1,
3, 3, 0, 1, -3, -4, 3, -5, -1, 3, 2, 3, 0, -5, 4, 3, -5,
-3, 1, -1, 0, -4, 0, 1, -5, -5, -1, 3, -2, -5, -5, 1, 0, -1,
1, 1, -1, -2, -2, 1, 1, -4, -4, 1, -3, -3, -5, 3, 0, -5, -2,
-2, 4, 1, -4, -5, -1, 3, -3, 2, 4, -4, 4, 2, -2, -4, 3, 4,
-2, -4, 2, -4, -1, 0, -3, -1, 2, 3, 1, 1, 2, 1, 4])
In [84]: mask = a != 0
In [85]: a[mask]
Out[85]:
array([-2, -1, 4, -3, 1, -2, 2, -1, 2, -1, -3, 3, -3, -4, 1, 2, 1,
3, 3, 1, -3, -4, 3, -5, -1, 3, 2, 3, -5, 4, 3, -5, -3, 1,
-1, -4, 1, -5, -5, -1, 3, -2, -5, -5, 1, -1, 1, 1, -1, -2, -2,
1, 1, -4, -4, 1, -3, -3, -5, 3, -5, -2, -2, 4, 1, -4, -5, -1,
3, -3, 2, 4, -4, 4, 2, -2, -4, 3, 4, -2, -4, 2, -4, -1, -3,
-1, 2, 3, 1, 1, 2, 1, 4])
In [86]: a[-mask]
Out[86]: array([0, 0, 0, 0, 0, 0, 0])