アプリケーションの再起動時にログ ファイルを上書きするには、NLog が必要です。現在、既存のファイルに追加されます。たとえば、NLog.configに次のようなものがあります
<targets>
<target xsi:type="File" name="fileLog"
fileName="${longdate}.log" layout="${message}" />
</targets>
<target>
このようなものに追加できればいいappend="false"
ので、既存のログに追加する代わりに上書きします。