perl - 高速な順序で検索および置換

Question

ワイルド文字を使用して検索および置換するためのワンライナーソリューションを探しています..

入力：

>sequence1
ATGCCAAACTGGAACT[A/T]ATTCAATGGCATGGACATAAATTC[A/C]ATACAATTACAAA
>sequnce2
ATCAAACCGGTATGTACATT[A,T/G]ATTCATTACTA

出力：

>sequence1
ATGCCAAACTGGAACTNATTCAATGGCATGGACATAAATTCNATACAATTACAAA
>sequnce2
ATCAAACCGGTATGTACATTNATTCATTACTA

「[」と「]」の間のすべてを「N」に置き換える必要があります。データ長は異なる場合があります。awk スクリプトを使用してパターンを見つけることができましたが、それを置き換える方法がわかりません。助けてください..

awk -F'[][]' '{for(i=2;i<=NF;i=i+2) print $i}' 1.fasta

私が試した別のことはviエディタです

:%s/[.*\]/N/g

上記のものを使用して、「[A/T]ATTCAATGGCATGGACATAAATTC[A/C]」をすべてNに置き換えます

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これをやってみてください：

perl -pe 's/\[.*?\]/N/g' file.txt

EXPLANATIONS (正規表現について)

そうは言っても、私は別の面白い解決策を持っています:

perl -ne 'print join "N", split /\[.*?\]/;' file.txt

たぶん、このようにもっと明確ですか？（でも相変わらず）

perl -ne '
    print join(
        "N",
        split(/\[.*?\]/)
    );
' file.txt

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0

これは vi エディターで機能します。

%s/\[[^\]]*\]/N/g

于 2012-12-04T12:44:26.113 に答える

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sed 's/\[[^]]*\]/N/g' file

編集：要求に応じて説明：

リテラル "[" ([) を探し、0 個以上の非 "]" 文字 ([^]]*) の任意のシーケンスとそれに続くリテラル "]" (]) を探し、その文字列全体を文字 N に置き換えます。各行でローカルに「g」を実行します。

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別の awk ワンライナーを追加するだけです。あなたの目標は交代です。$x で遊ぶ必要はありません

awk '{gsub(/\[[^\]]*\]/,"N")}1' file

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