以下のものを用意してください。
In [14]: A = array([[1, 1], [3, 2], [-4, 1]])
In [15]: A
Out[15]:
array([[ 1, 1],
[ 3, 2],
[-4, 1]])
In [16]: x = array([1, 1])
In [17]: x
Out[17]: array([1, 1])
In [18]: dot(A, x)
Out[18]: array([ 2, 5, -3])
dot() 関数は通常の行列乗算として記述されているため、列を期待していました。
代わりに行を返すのはなぜですか? この振る舞いは非常に落胆しているようです。