4

Rを使用して、種ごとの値の合計を見つけるにはどうすればよいですか？私は62の種の名前を持っており、生息地の各種の基底面積を追加したいと思います。私は試した

aggregate(file name, species, FUN=sum, simplify=TRUE)

これには多くのバリエーションがありますが、常に見つからないと表示されますspecies（データセットの列ヘッダー）。リストが長すぎて入力として追加できません。プログラムで列情報を使用したい。私のデータセットは次のようになります。

Species      BA
sp1          0.5
sp1          0.2
sp2          0.1
4

2 に答える 2

4

data.tableパッケージは、この種のものに最適です。

まず、パッケージをロードしてデータを作成します。

library(data.table)
set.seed(1)
dat <- data.table(Species = paste("s", sample(1:3, 15, replace = TRUE), sep = ""),
                  BA = rnorm(15), CA = rnorm(15), DA = rnorm(15), EA = rnorm(15),
                  key="Species")
dat
#     Species           BA          CA         DA          EA
#  1:      s1 -0.005767173  0.80418951  1.2383041 -0.79533912
#  2:      s1 -1.147657009 -0.69095384 -0.4527840 -0.17262350
#  3:      s1 -0.891921127 -0.43331032  1.1565370 -0.94064916
#  4:      s1  0.435683299 -0.64947165  0.8320471 -0.11582532
#  5:      s1 -1.237538422  0.72675075 -0.2273287 -0.81496871
#  6:      s2  2.404653389 -0.05710677 -0.2793463 -0.05487747
#  7:      s2  0.763593461  0.50360797  1.7579031  0.25014132
#  8:      s2 -0.411510833 -0.23570656 -1.0655906  0.35872890
#  9:      s2  0.252223448 -0.54288826 -1.5637821 -0.01104548
# 10:      s2  0.377395646  0.99216037 -0.3767027 -1.42509839
# 11:      s3 -0.799009249  1.08576936  0.5607461  0.61824329
# 12:      s3 -0.289461574 -1.28459935 -0.8320433 -2.22390027
# 13:      s3 -0.299215118  0.04672617 -1.1665705 -1.26361438
# 14:      s3 -0.224267885  1.15191175  0.2661374  0.24226348
# 15:      s3  0.133336361 -0.42951311  2.4413646  0.36594112

注：すでに持っている場合data.frame（私はあなたが持っていると思います）、単に使用できますdata.table(YourDataFrame, key=YourGroupingColumns)

これが実際の集計です。.SDデータの列のサブセットです。デフォルトでは、keys を除くデータ内のすべての列です (グループ化列。この場合、キーとして「Species」を指定しました)。

dat[, lapply(.SD, sum), by=key(dat)]
#    Species        BA         CA        DA         EA
# 1:      s1 -2.847200 -0.2427955  2.546776 -2.8394058
# 2:      s2  3.386355  0.6600668 -1.527519 -0.8821511
# 3:      s3 -1.478617  0.5702948  1.269634 -2.2610668

ただし、.SDcols関心のある列を名前または数値インデックスで指定できる引数もあります。

dat[, lapply(.SD, sum), by=key(dat), .SDcols = "DA"]
#    Species        DA
# 1:      s1  2.546776
# 2:      s2 -1.527519
# 3:      s3  1.269634
dat[, lapply(.SD, sum), by=key(dat), .SDcols = 2:3]
#    Species        BA         CA
# 1:      s1 -2.847200 -0.2427955
# 2:      s2  3.386355  0.6600668
# 3:      s3 -1.478617  0.5702948
# or perhaps, more easily understood.
dat[, lapply(.SD, sum), by=key(dat), .SDcols = c('BA','CA')]
#    Species        BA         CA
# 1:      s1 -2.847200 -0.2427955
# 2:      s2  3.386355  0.6600668
# 3:      s3 -1.478617  0.5702948
于 2012-12-03T02:20:46.667 に答える