バッチで尤度比テストを行うラッパー関数を作成しようとしました。初期モデルを更新するために update() を含めようとしました。ただし、関数内でオブジェクトを探すのではなく、グローバル環境でオブジェクトを探すようです。
fake <- data.frame(subj= rep(1:5, 4),
factor1 = rep(LETTERS[c(1,2,1,2)], each=5),
factor2 = rep(letters[1:2], each=10),
data=sort(rlnorm(20)))
foo <- function(){
temp <- fake
model1 <- lmer(data~factor1*factor2 + (1 |subj), temp)
model1a <- update(model1, ~.-factor1:factor2)
model1a}
そして、以下のエラーメッセージが表示されます。
Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'factor1' not found
関数内で update() 検索を行う方法はありますか? ありがとうございました!
編集:
私はミスを犯した。「fake」ではなく「temp」をlmerに渡したかったのです。
EDIT2: 提案された便利な解決策の 1 つは、単にデータ オブジェクトを指定することです。update() はこれで問題ありませんが、anova() は、比較しようとしているモデルが異なるデータ オブジェクトに基づいていると考えているようです。
foo <- function(){
temp <- fake
model1 <- lmer(data~factor1*factor2 + (1 |subj), data=temp)
model1a <- update(model1, ~.-factor1:factor2, data=temp)
anova(model1, model1a)
}
foo()
エラー メッセージが表示されます。
Error in anova(model1, model1b) :
all models must be fit to the same data object
このエラーは update() を超えていると思います。しかし、これを解決する方法を誰かが知っているのだろうか。update() を使用せずに関数を記述し、代わりにモデルを詳しく説明すると (以下を参照)、上記のエラーは解消されることに注意してください。
foo <- function(){
temp <- fake
model1 <- lmer(data~factor1*factor2 + (1 |subj), data=temp)
model1a <- lmer(data~factor1 + factor2 + (1 |subj), data=temp)
anova(model1, model1a)
}
foo()
Data: temp
Models:
model1a: data ~ factor1 + factor2 + (1 | subj)
model1: data ~ factor1 * factor2 + (1 | subj)
Df AIC BIC logLik Chisq Chi Df Pr(>Chisq)
model1a 5 -4.6909 3.7535 7.3454
model1 6 -8.8005 1.3327 10.4003 6.1097 1 0.01344 *
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
編集 3: 問題は anova() にあるようです。@hadleyの提案も試しました
foo2 <- function(){
my_update <- function(mod, formula = NULL, data = NULL) {
call <- getCall(mod)
if (is.null(call)) {
stop("Model object does not support updating (no call)", call. = FALSE)
}
term <- terms(mod)
if (is.null(term)) {
stop("Model object does not support updating (no terms)", call. = FALSE)
}
if (!is.null(data)) call$data <- data
if (!is.null(formula)) call$formula <- update.formula(call$formula, formula)
env <- attr(term, ".Environment")
eval(call, env, parent.frame())}
model1 <- lmer(data~factor1*factor2 + (1 |subj), temp)
model1a <- my_update(model1, ~.-factor1:factor2)
anova(model1, model1a)
}
foo2()
以下に示すようなエラーメッセージが表示されました。
Error in as.data.frame.default(data) :
cannot coerce class 'structure("mer", package = "lme4")' into a data.frame