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コードをコンパイルしようとすると、以下のエラーメッセージが表示されます。以下は例とからの出力ですsessionInfo()。この例は以前は機能していましたが、に問題がありましたRcppArmadillo。そこで、HPCバージョンのgfortranコンパイラをインストールしましたが、これは間違いでした。何かをコンパイルしようとするとRがクラッシュしました（CRANはHPCバージョンについても警告します）。最後に、ここでCRANにバージョンをインストールしましたが、以下を呼び出すcppFunctionかsourceCpp、エラーが発生します。私はすでにgfortran、R、Rcppをアンインストールして、それらを再インストールしようとしました。同じエラー。からの出力gfortran -vは少し紛らわしいです。何か案は？

サンプルコード

require("Rcpp")
cppFunction('
    int add(int x, int y, int z) { 
      int sum = x + y + z;
      return sum;
    }'
)

エラーメッセージ

Error in dyn.load(context$dynlibPath) : 
  unable to load shared object '/var/folders/cc/_mskgpdd6f77hrg4rsp4zq1h0000gq/T//RtmpHRb5JV/sourcecpp_24fb5226c6fc/sourceCpp_96369.so':
  dlopen(/var/folders/cc/_mskgpdd6f77hrg4rsp4zq1h0000gq/T//RtmpHRb5JV/sourcecpp_24fb5226c6fc/sourceCpp_96369.so, 6): Symbol not found: ___emutls_get_address
  Referenced from: /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib
  Expected in: /usr/local/lib/libgcc_s.1.dylib
 in /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib

セッション情報からの出力

R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] Rcpp_0.10.1      boot_1.3-7       xtable_1.7-0     stringr_0.6.1   
[5] mi_0.09-18       arm_1.5-08       abind_1.4-0      R2WinBUGS_2.1-18
[9] coda_0.14-7      lme4_0.999999-0  Matrix_1.0-9     lattice_0.20-10 
[13] car_2.0-15       nnet_7.3-5       MASS_7.3-22      plyr_1.7.1      
[17] foreign_0.8-51  

loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.15.2   nlme_3.1-105  stats4_2.15.2 tools_2.15.2

コンパイラのバージョン

> gcc -v
gcc version 4.2.1 (Based on Apple Inc. build 5658) (LLVM build 2336.11.00)
> gfortran -v
Using built-in specs.
Target: i686-apple-darwin8
Configured with: /Builds/unix/gcc/gcc-4.2/configure --prefix=/usr/local --mandir=/share/man --program-transform-name=/^[cg][^.-]*$/s/$/-4.2/ --build=i686-apple-darwin8 --host=i686-apple-darwin8 --target=i686-apple-darwin8 --enable-languages=fortran
Thread model: posix
gcc version 4.2.3
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1 に答える 1

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どういうわけか、libstdc++.6.dylibinのバージョンになりました/usr/local/lib。このバージョンは、特定のコードを Rcpp またはインラインでコンパイルすると検出され、エラーが発生します。のシステムバージョンを上書きしているようです/usr/lib。今のところ、名前を に変更/usr/local/lib/libstdc++.6.dylibしただけ.../libstdc++.6-SAVEです。他の問題が発生するかどうかはわかりませんが、Rcpp が再び実行され、?cfunctionサンプルも機能します。

編集：実際にはまだめちゃくちゃです。現在の R セッションの問題を解決する手順は次のとおりです。1) R を/usr/local/lib/libstdc++.6.dylib変更せずに開始する、2) 名前を変更する/usr/local/lib/libstdc++.6.dylib、3) を喜んで使用するRcpp。ただし、R を再起動すると、まだ古いエラー メッセージが表示されます。現在の R セッションで機能させるには、3 つの手順をもう一度実行する必要があります。

于 2012-12-04T19:41:49.317 に答える