まず、巨大なアプリケーションであり、問題は多くの行に関係しているため、コードを実際に添付することはできません。
一部のコレクションへの要素のクリアと再追加を主な変更内容とした後、アプリケーションのスイング GUI がフリーズします。そのフリーズは、追加されたコードが実行されている間は発生しませんが、その後しばらくしてから発生します。奇妙なのは、スレッドが中断されていないことです。
私の質問は、無限ループがこの問題の唯一の説明であるかどうかです。追加されたコードは問題なく終了するため、これが事実である可能性は低いと思います。同期されていないコレクションへのアクセスの問題がある可能性がありますが、そのような状況につながるとは思いません。スレッドが中断されていないため、同期の問題によるデッドロックに対処しているようには見えません。