私は Scala と AndroidProguardScala プラグインを次のモードで使用して開発していました。
https://stackoverflow.com/a/11084146/1287856
Android プロジェクトを古いバージョンの scala から新しいもの、つまり 2.10.0-RC3 に素晴らしい新しい IDE プラグインでアップグレードしました。
各ファイルの左側にある列をクリックしても、scala ファイルにブレークポイントを設定できないことに気付きました。
幸いなことに、回避策を見つけました。