クラスターを特定してから、それらを並べ替える必要があります。
クラスターを見つけるには、それらの違いの変化を見つけることで実行できます。
diffA = diff(A);
clusters_start = [1 ; find(any(diffA,2)~=0)+1];
次に、クラスターの端は次の方法で簡単に見つかります。
clusters_end = [clusters_start(2:end)-1 ;size(A,1)];
clusters_length = clusters_end-clusters_start+1;
これで、クラスターの数がわかったので、それらを並べ替えることができます。
Nclusters = numel(clusters_start);
perm_idx = randperm(Nclusters );
clusters_start = clusters_start(perm_idx);
clusters_end = clusters_end(perm_idx);
clusters_length = clusters_length(perm_idx);
それらを新しいマトリックスに入れます:
newA = NaN(size(A));
for ii=1:Nclusters
newA(sum(clusters_length(1:ii-1))+(1:clusters_length(ii)),:) = A(clusters_start(ii):clusters_end(ii),:);
end