環境ベクトルを使用した非類似度マトリックス (vegdist、メソッド Bray) に基づいて PCoA プロット (cmd スケール) を作成する必要があります。
cmd PCoA プロットまで取得しましたが、環境変数のベクトルをプロットする方法がわかりません。
それらは別のファイルに入れる必要があります。envfit関数は使用されていますか?初心者の私はどのように使用されていますか?
誰かがこれを行う方法を段階的に教えてくれれば、それは素晴らしいことです.
ありがとうございました。
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ステップバイステップのマニュアルを備えた、無料で利用できるリソースがたくさんあります。たとえば、vegan- vignettes 、Roeland Kindt の「ツリー ダイバーシティ分析」など...
Borchard の本 ( R を使った数値生態学) もとても良いです。
これがスターターです：
require(vegan)
data(dune)
data(dune.env)
str(dune)
str(dune.env)
# CMD
cmd <- cmdscale(vegdist(dune, method="bray"))
# Plot CMD
ordiplot(cmd)
# Fit environmental variables
fit_env <- envfit(ord=cmd, env=dune.env)
# plot environmental variables with p < 0.05
plot(fit_env, p.max = 0.05)
# add smooth surface for A1
ordisurf(cmd, dune.env$A1, add = TRUE)
于 2012-12-07T21:34:26.017 に答える