理由はわかりませんが、ffmpeg を使用してビデオの右下隅に透かしを表示できないようです。
次のコマンドを使用しています。
$ ffmpeg –i faded.mov -vf "movie=logo2.png [watermark]; [in][watermark] overlay=(main_w-overlay_w-10)/2:(main_h-overlay_h-10)/2 [out]" outputvideo3.mov
...
[NULL @ 0x7fa2ec001000] Unable to find a suitable output format for '–i'
–i: Invalid argument