最初に、R^2 を非線形モデルで見るのは私の選択ではないことを認識しましょう。しかし、私はそれをしなければなりません。
私は6回の治療と各治療で4回の担当者を持っています. 各治療にロジスティックモデルを当てはめます。治療への適合ごとに R^2 を見つける必要があります。固定効果 (すべての処理) でモデルの R^2 を見つけることができますが、nlme でリストがどのように機能するかについて混乱します。変量効果 (各処理) に固有のものを求めるにはどうすればよいですか?
たぶん、このプロットは物事をより明確にします。投稿するコードでは、青い線の R^2 が得られますが、ピンクの線には R^2 が必要です。
これまでに実行したコードは次のとおりです。
#Changes in root biomass over four years in 6 different cropping systems
yr<-read.table("totalfallmass2.txt", header=TRUE)
library(nlme)
yrG<-groupedData(mass ~ year | trt, data=yr)
fit.log <- nlsList(mass ~ SSlogis(year, Asym, xmid, scal), data = yrG)
fit.nlme <- nlme(fit.log, random = pdDiag(Asym ~ 1))
plot(augPred(fit.nlme, level = 0:1))
#For an overall R^2
cor(fitted(fit.nlme),getResponse(fit.nlme))^2
そして、これを実行するために必要なデータは次のとおりです。