JavaソースコードとXMLレイアウト（モデリング）を使用してAndroidアプリケーションプロジェクトを生成する必要があります。実際には、わずかに変更されたデフォルトのAndroidプロジェクトを生成しています（したがって、編集や変換などは行わず、最初からモデリングするだけです）。サーバー側で生成する必要があるため、Eclipseベースのプラグインなどには興味がありません。
PHPをベースにしたツールはありますか？
そうでない場合は、FreeMarkerまたはCodeModel（Javaに基づく）を使用する必要があると思いますか？
Android プロジェクトは実際には、いくつかの特別なライブラリと異なるコンパイラを使用する通常の Java プロジェクトです (Android の Java 仮想マシンである Dalvik は、通常の Java バイトコードを実行しません。それに固有のバイトコードを実行します)。したがって、ほとんどの場合、このタスクには、Java コードを処理できる任意のコード生成ツールを使用できます (Ant および GIT コマンドを実行できる可能性があります...)。
一般に、コード生成には、ほぼすべてのテキスト処理ツールまたは言語を使用できます。Python、Ruby、および Perl で記述されたコード生成ツールがいくつかあります。ほとんどの場合、PHP で書かれたものが 1 つ以上あるでしょう。場合によっては、HTML テンプレートと PHP スクリプトから HTML ページを生成するために Web 開発の世界で使用されるテンプレート エンジンの 1 つをコード生成に使用することさえ可能です。
同じことが XML にも (ほぼ) 当てはまります。通常の「テンプレート エンジン」を使用して、テンプレートから XML を生成できます。Web 開発で使用される多くのテンプレート エンジンは、XML を明示的にサポートしています。とはいえ、XML を生成するツールは他にもあります。「XML変換ツール」については、Googleで検索してください。