間違ったコンポーネントを使用しているようです。使用する必要があるのはこれです:
http://twitter.github.com/bootstrap/javascript.html#dropdowns
これにより、ボタンをナビゲーションに貼り付けるのではなく、ナビゲーションにドロップダウンを組み込むことができます。このアプローチでブラウザが特定の幅よりも狭い場合、メニューは階層にスライドします。
ドロップダウン3を使用すると、スクリーンショットのようにHTMLをフロートさせることができます。
<ul class="nav pull-right">
<li id="fat-menu" class="dropdown">
<a href="#" id="drop3" role="button" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown">Dropdown 3 <b class="caret"></b></a>
<ul class="dropdown-menu" role="menu" aria-labelledby="drop3">
<li><a tabindex="-1" href="#">Action</a></li>
<li><a tabindex="-1" href="#">Another action</a></li>
<li><a tabindex="-1" href="#">Something else here</a></li>
<li class="divider"></li>
<li><a tabindex="-1" href="#">Separated link</a></li>
</ul>
</li>
</ul>