終了日と開始日の差が 2 以下の行の総数を取得する必要があります。ただし、たとえば開始日が 11-29-2012 で、終了日は 2012 年 3 月 12 日です。2012 年 12 月 1 日は土曜日で、2012 年 2 月 12 日は日曜日なので、差は 4 ではなく 2 になるはずです。
DateE は開始日です ReplayDate は終了日です
SELECT
DATE_FORMAT(DateE, '%Y-%m-%d') AS startdate,
DATE_FORMAT(ReplyDate, '%Y-%m-%d') AS replydate,
DATEDIFF(ReplyDate,DateE) as diff
FROM emailtodb.emailtodb_email
WHERE
Status = 2
AND
DATEDIFF(ReplyDate,DateE)<=2
AND
DATE_FORMAT(DateE, '%Y-%m-%d')
BETWEEN
'2012-11-29' AND '2012-12-12'
AND
TIME_FORMAT(DateE, '%H:%i:00')
BETWEEN
'00:00' AND '23:59'