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Rを使用して、上三角部分を省略したファイルから対称行列を読み取る最良の方法は何ですか. 例えば、

1.000
.505  1.000
.569  .422  1.000
.602  .467  .926  1.000
.621  .482  .877  .874  1.000
.603  .450  .878  .894  .937  1.000

を試しread.tableましたが、成功しませんでした。

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4 に答える 4

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read.table とループレスで *apply-less のソリューションは次のとおりです。

txt <- "1.000
.505  1.000
.569  .422  1.000
.602  .467  .926  1.000
.621  .482  .877  .874  1.000
.603  .450  .878  .894  .937  1.000"
 # Could use clipboard or read this from a file as well.
mat <- data.matrix( read.table(text=txt, fill=TRUE, col.names=paste("V", 1:6))  )
mat[upper.tri(mat)] <- t(mat)[upper.tri(mat)]
> mat
        V1    V2    V3    V4    V5    V6 
[1,] 1.000 0.505 0.569 0.602 0.621 0.603
[2,] 0.505 1.000 0.422 0.467 0.482 0.450
[3,] 0.569 0.422 1.000 0.926 0.877 0.878
[4,] 0.602 0.467 0.926 1.000 0.874 0.894
[5,] 0.621 0.482 0.877 0.874 1.000 0.937
[6,] 0.603 0.450 0.878 0.894 0.937 1.000
于 2012-12-13T17:22:51.927 に答える
3

私はあなたのテキストをコピーし、それtt <- file('clipboard','rt')をインポートするために使用しました。標準ファイルの場合：

tt <- file("yourfile.txt",'rt')
a <- readLines(tt)
b <- strsplit(a,"  ") #insert delimiter here; can use regex
b <- lapply(b,function(x) {
  x <- as.numeric(x)
  length(x) <- max(unlist(lapply(b,length))); 
  return(x)
})
b <- do.call(rbind,b)
b[is.na(b)] <- 0
#kinda kludgy way to get the symmetric matrix
b <- b + t(b) - diag(b[1,1],nrow=dim(b)[1],ncol=dim(b)[2]
于 2012-12-13T16:02:01.667 に答える
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これは、行列の次元が不明な場合にも機能するアプローチです。

# read file as a vector
mat <- scan("file.txt", what = numeric())

# calculate the number of columns (and rows)
ncol <- (sqrt(8 * length(mat) + 1) - 1) / 2

# index of the diagonal values
diag_idx <- cumsum(seq.int(ncol))

# generate split index
split_idx <- cummax(sequence(seq.int(ncol)))
split_idx[diag_idx] <- split_idx[diag_idx] - 1

# split vector into list of rows
splitted_rows <- split(mat, f = split_idx)

# generate matrix
mat_full <- suppressWarnings(do.call(rbind, splitted_rows))
mat_full[upper.tri(mat_full)] <- t(mat_full)[upper.tri(mat_full)]


   [,1]  [,2]  [,3]  [,4]  [,5]  [,6]
0 1.000 0.505 0.569 0.602 0.621 0.603
1 0.505 1.000 0.422 0.467 0.482 0.450
2 0.569 0.422 1.000 0.926 0.877 0.878
3 0.602 0.467 0.926 1.000 0.874 0.894
4 0.621 0.482 0.877 0.874 1.000 0.937
5 0.603 0.450 0.878 0.894 0.937 1.000
于 2012-12-13T18:30:26.233 に答える
1

投稿していますが、Blue Magister のアプローチの方が好きです。でも、もしかしたら、この中に何か役に立つものがあるかもしれません。

mat <- readLines(n=6)
1.000
.505  1.000
.569  .422  1.000
.602  .467  .926  1.000
.621  .482  .877  .874  1.000
.603  .450  .878  .894  .937  1.000

nmat <- lapply(mat, function(x) unlist(strsplit(x, "\\s+")))
lens <- sapply(nmat, length)
dlen <- max(lens) -lens
bmat <- lapply(seq_along(nmat), function(i) {
    as.numeric(c(nmat[[i]], rep(NA, dlen[i])))
})
mat <- do.call(rbind, bmat)
mat[upper.tri(mat)] <- t(mat)[upper.tri(mat)]
mat
于 2012-12-13T16:20:39.980 に答える