編集:物事が不適切に行われたため、前の回答を置き換えました。bonsaijsは明らかにクリッピングを許可しません。
マスク パスをクリップ パスとしても使用することをお勧めしますが、bonsiajs はそれをサポートしていないようです。とにかく、これは意図したとおりにイベントをトリガーする SVG 構造です。これが bonsaijs を使用して生成できない場合は、別の方法で生成できる可能性があります。
<svg width="596" height="596" viewBox="-0.5 -0.5 596 596"
xmlns="http://www.w3.org/2000/svg"
xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink">
<defs>
<mask id="mask">
<path d="M 0 0 l 50 0 l 0 150 l -50 0 Z" fill="rgba(255,255,0,1)"
transform="matrix(1,0,0,1,80,0)" id="maskPath"/>
</mask>
<clipPath id="clipPath">
<use xlink:href="#maskPath"/>
</clipPath>
</defs>
<g>
<g mask="url(#mask)" clip-path="url(#clipPath)" onmouseover="alert('in')">
<path d="M 0 0 l 100 0 l 0 100 l -100 0 Z" fill="rgba(255,0,0,1)"/>
<path d="M 0 0 l 100 0 l 0 100 l -100 0 Z" fill="rgba(0,0,255,1)"
transform="matrix(1,0,0,1,50,50)"/>
</g>
</g>
</svg>