一致させる必要があるパターン "[^az]xxx yyy[^az]" があります。パターンの「xxx yyy」の部分で近似一致を受け入れることができますが、文字クラスを変更する必要があります。
上記のパターンは、"skxxx yyyaa" のような文字列で一致を検出します。
<[^az]>xxx yyy<[^az]> を使用してみましたが、<> メタ文字は変更できませんが、<> 内のメタ文字は無視されると思います。
コードは次のとおりです。
agrep( "[^a-z]xxx yyy[^a-z]","skxxx yyyaa",max.distance=2,fixed=FALSE,ignore.case=TRUE)