こんにちは、R で nlme を使用してランダム切片と勾配モデルをプロットする方法について質問があります。(Zuur et al., 2009 の助けを借りて) ランダム切片でモデルをプロットする方法を見つけましたが、できていません。ランダムな切片と勾配でモデルをプロットするために必要なコードを見つけます。
ランダム切片モデルのコード:
library(nlme)
#stream order random intercept
df1$fStream.Order <- factor(df1$Stream.Order)
Mlme1.so<-lme(rel.abun ~ WI.ADF.period, random = ~1|fStream.Order, data=df1)
ランダム切片モデルをプロットするコード
F0.so<-fitted(Mlme1.so, level=0)
F1.so<-fitted(Mlme1.so, level=1)
I.so<-order(df1$WI.ADF.period); WI.ADF.periods<-sort(df1$WI.ADF.period)
plot(WI.ADF.periods, F0.so[I.so], lwd=4, type="l",ylim=c(5,25), xlim=c(-1,10),ylab="Relative Abundance",xlab="WI")
for (i in 1:5){
x1.so <- df1$WI.ADF.period[df1$Stream.Order == i]
y1.so <- F1.so[df1$Stream.Order == i]
K.so <- order(x1.so)
lines(sort(x1.so), y1.so[K.so], type="l")
}
結果のプロットは、固定成分 (太線) とランダム切片回帰線 (細線) によって得られた適合線を示しています。Zuur et al. の 108 ページの図 5.2 を参照してください。(2009) - 「R を使用したエコロジーにおける混合効果モデルと拡張」
ランダム切片に加えてランダム勾配効果を含む次のモデルの同様のプロットを作成したいと思います。
Mlme2.so<-lme(rel.abun ~ WI.ADF.period, random = ~1 + WI.ADF.period | fStream.Order, data=df1)
上記の plot() 関数を使用してコードを変更し、勾配が変化するランダムな切片を示すプロットを作成するにはどうすればよいですか?
参考までに、Zuur et al. の 111 ページの図 5.3 に似たプロットを作成したいと思います。(2009) - 「R を使用したエコロジーにおける混合効果モデルと拡張」
以下は、モデルで使用されるサンプル データです。
WI.ADF.period Stream.Order rel.abun
8.73 1 8.89
8.73 1 61.82
8.73 1 9.49
0.00 1 2.18
0.00 1 57.04
0.00 1 7.52
0.00 2 8.43
0.00 2 0.43
0.00 2 76.7
0.00 2 2.14
0.00 2 1.07
0.00 2 2.92
0.00 2 0.1
0.00 2 90.1
0.00 2 1.04
0.00 2 0.31
7.96 3 37.34
7.96 3 21.75
7.96 3 30.36
7.96 3 8.6
0.00 3 44.25
0.00 3 11.95
0.00 3 16.37
0.00 3 21.68
3.72 3 2.55
3.72 3 22.79
3.72 3 0.17
3.72 3 7.48
3.72 3 21.43
3.72 3 6.46
3.72 3 8.33
3.72 3 3.57
3.72 3 0.17
0.00 3 2.58
0.00 3 16.79
0.00 3 14.35
0.00 3 16.93
0.00 3 3.73
0.00 3 14.49
0.00 3 3.44
0.00 3 0
0.00 3 0