これは実際にはエラーではありませんが、生成されたファイルをデフォルトの ModuleName/ModulaName+Package の代わりにフォルダー xx/yy に配置するように GWT コンパイラーに指示する方法を見つけようとしています。
https://developers.google.com/web-toolkit/doc/latest/DevGuideCompilingAndDebugging#DevGuideCompilerOptions
構成パラメーターを追加する方法がわからないため、実際には役に立ちません。