http://developer.chrome.com/extensions/notifications.html
ユーザーのマウスが表示されている通知ウィンドウ上にない場合にのみ、X 秒後に通知ウィンドウを閉じる必要があります。
var notification = webkitNotifications.createNotification(
'icon.png',
'Notification titile',
'Notification body text'
);
notification.show();
// TODO: Close notification window only if user's mouse is not over it
setTimeout(function() { notification.cancel() }, 10000);