maven と m2e プラグインを使用すると、hadoop プロジェクトは次のように単純になります。
<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0"
xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd">
<modelVersion>4.0.0</modelVersion>
<groupId>csw.hadoop</groupId>
<artifactId>hadoop-sandbox</artifactId>
<version>0.0.1-SNAPSHOT</version>
<dependencies>
<dependency>
<groupId>org.apache.hadoop</groupId>
<artifactId>hadoop-core</artifactId>
<version>1.1.1</version>
<scope>provided</scope>
</dependency>
</dependencies>
</project>
また、maven が jar と依存関係のダウンロードを処理し、Eclipse maven プラグインがビルド パスを管理します。
Antでも同じことができるEclipse ivyプラグインもあると思います