次のコードでは、bashスクリプトに渡す変数$probe1を作成します。以下のおもちゃの例では、出力は空白です。つまり、$probe1はos.system呼び出し内のbashシェルスクリプトとして認識されません。何をする必要がありますか?
for line1 in datfile:
datmat=datmat+[line1.rstrip('\n').split('\t')]
probe=datmat[i][0]
snp1=datmat[i][2]
probe1='permprobes'+probe+'pheno.pphe'
os.system('echo $probe1')