ntfs loggong (私のローカル xampp サーバーのような) を使用して Windows サーバー上のファイルを「w」書き込みすると、効果的に上書きされます (vrs 'a' 追加)。ハードドライブ?もしそうなら、php/jsで消去できますか?
$filename = 'd:\\xxx.txt';
$handle = fopen($filename, 'w');
fwrite($handle, $info);
PHPでFILE_APPEND_DATAを取得できますか? 多分js/php lib経由ですか?
Linux Web サーバーに (Web サイトのルート ディレクトリへの fwrite を介して) 自動履歴ログはありますか? (ここでは、GoDaddy または定期的なバックアップを行っている人を想定していますが、ここではそうではありません)。