6

パターンマッチングについて質問です。pattern.txt など、複数のパターンを含むファイルがあります。

Locus3039v1rpkm6.85
Locus3041v1rpkm6.84
Locus3042v1rpkm6.84

そして、検索するテスト ファイルは file.txt です -

Locus3039v1rpkm6.85 gi|350401309|ref|XM_003486067.1|    0   10  85  328 253 8e-12   78.8
Locus3039v1rpkm6.85 gi|350401301|ref|XM_003486066.1|    0   10  85  566 491 8e-12   78.8
Locus3039v1rpkm6.85 gi|350401298|ref|XM_003486065.1|    0   10  85  500 425 8e-12   78.8
Locus3039v1rpkm6.85 gi|340723355|ref|XM_003400008.1|    0   10  106 566 470 3e-11   77.0
Locus3039v1rpkm6.85 gi|340723353|ref|XM_003400007.1|    0   10  106 496 400 3e-11   77.0
Locus3039v1rpkm6.85 gi|359323056|ref|XM_003639939.1|    0   27  104 322 245 9e-05   55.4
Locus3039v1rpkm6.85 gi|359323055|ref|XM_543849.4|   0   27  104 241 164 9e-05   55.4
Locus3039v1rpkm6.85 gi|354503991|ref|XM_003514015.1|    0   27  103 335 259 0.004   50.0
Locus3039v1rpkm6.85 gi|341599927|emb|AM412059.2|    1   63  100 1645525 1645489 6.8 39.2
Locus3039v1rpkm6.85 gi|340003223|emb|HE572590.1|    1   63  100 1671652 1671616 6.8 39.2
Locus3041v1rpkm6.84 gi|337757426|emb|FQ859181.1|    1   61  114 2772617 2772667 0.60    42.8
Locus3041v1rpkm6.84 gi|159889572|gb|CP000875.1|     0   5   40  1185295 1185330 0.60    42.8
Locus3041v1rpkm6.84 gi|158107272|gb|CP000820.1|     0   2   34  5594193 5594161 0.60    42.8
Locus3041v1rpkm6.84 gi|156844486|ref|XM_001645256.1|    83  140 793 850 0.60    42.8
Locus3041v1rpkm6.84 gi|339305108|gb|CP001503.2|     0   58  94  3006529 3006565 2.1 41.0
Locus3041v1rpkm6.84 gi|247533203|gb|CP001607.1|     0   1   40  1268073 1268034 2.1 41.0
Locus3041v1rpkm6.84 gi|367050653|ref|XM_003655658.1|    0   75  103 843 871 7.3 39.2
Locus3041v1rpkm6.84 gi|347002178|gb|CP003012.1|     0   75  103 2986236 2986208 7.3 39.2
Locus3043v1rpkm6.84 gi|332015867|gb|HQ658110.1|     0   9   31  4151    4129    0.49    42.8
Locus3043v1rpkm6.84 gi|254946573|gb|CP001619.1|     1   9   43  4243052 4243019 0.49    42.8
Locus3043v1rpkm6.84 gi|329755665|gb|JF715057.1|     0   11  42  110968  110937  1.7 41.0
Locus3043v1rpkm6.84 gi|9937515|gb|AF294752.1|   0   48  79  2081    2050    1.7 41.0

最初の 5 ヒットで各パターンを一致させ、最初の 5 ヒットで次のパターンに移動します。

私は試した

 grep -i -m 5 -f pattern.txt file.txt > out.txt
 grep -i -f pattern.txt -m 5 file.txt > out.txt

しかし、最初のパターンとエンディングでトップ 5 しか得られません。どこが間違っていますか？この必要な機能を実行するためのパラメーターはありますか?

4

3 に答える 3

5

これを試して：

for pat in $(cat pattern.txt); do grep -i -m 5 $pat file.txt; done > out.txt

つまり

  1. のパターンごとにpattern.txt、一致した最初の 5 つのレコードを grep します。
  2. 結果を out.txt に追加します

編集

@dogbane がコメントで述べたように、これは UUOCです。これが私の改善された答えです：

for pat in $(< pattern.txt); do grep -i -m 5 $pat file.txt; done > out.txt

この回答も見てください。

于 2012-12-20T12:22:08.720 に答える
2

を使用するたび>に、ファイルを新しい出力で上書きします>>。代わりに を使用すると、ファイルに追加できます。

$ yourcommand >> file
于 2012-12-20T12:19:22.447 に答える
1

を使用する 1 つの方法を次に示しawkます。file.txt一度だけ読み取られるため、これも非常に高速である必要があります。

awk 'BEGIN { IGNORECASE=1 } FNR==NR { a[$0]++; next } { for (i in a) if ($0 ~ i && a[i] <= 5) { print; a[i]++ } }' patterns.txt file.txt

結果：

Locus3039v1rpkm6.85 gi|350401309|ref|XM_003486067.1|    0   10  85  328 253 8e-12   78.8
Locus3039v1rpkm6.85 gi|350401301|ref|XM_003486066.1|    0   10  85  566 491 8e-12   78.8
Locus3039v1rpkm6.85 gi|350401298|ref|XM_003486065.1|    0   10  85  500 425 8e-12   78.8
Locus3039v1rpkm6.85 gi|340723355|ref|XM_003400008.1|    0   10  106 566 470 3e-11   77.0
Locus3039v1rpkm6.85 gi|340723353|ref|XM_003400007.1|    0   10  106 496 400 3e-11   77.0
Locus3041v1rpkm6.84 gi|337757426|emb|FQ859181.1|    1   61  114 2772617 2772667 0.60    42.8
Locus3041v1rpkm6.84 gi|159889572|gb|CP000875.1|     0   5   40  1185295 1185330 0.60    42.8
Locus3041v1rpkm6.84 gi|158107272|gb|CP000820.1|     0   2   34  5594193 5594161 0.60    42.8
Locus3041v1rpkm6.84 gi|156844486|ref|XM_001645256.1|    83  140 793 850 0.60    42.8
Locus3041v1rpkm6.84 gi|339305108|gb|CP001503.2|     0   58  94  3006529 3006565 2.1 41.0
于 2012-12-20T12:36:34.820 に答える