imagej - ImageJ のマスクから接続されたオブジェクトを選択する

Question

簡単な前処理操作とバイナリ マスクの作成に Fiji (ImageJ) を使用したいと思います。私は GUI を使用しているだけで、自動手順には興味がありません。次のマスクを取得しました: (これは単なるスライスです。実際のマスクは 3 D、298 MB です)

結果が次のようになるように、3D 接続オブジェクトを抽出する必要があります。

理想的には、杖ツールに相当する 3D でオブジェクト内のポイント内をクリックし、オブジェクトを選択し、選択を反転し、0 を掛けたいと思います。最初に、コマンド Analyze - 3D objects Counter を使用しようとしましたが、画像が大きすぎて複雑すぎると思います (手順 2. オブジェクトの接続で操作がフリーズします)。私が従うことができる手順はありますか？

Answer 1

フィジーでは、次のことができます。

1. で画像を反転しEdit > Invertます。
2. フィジー ツールバーからポイント選択ツールを選択します。
3. 接続された白いピクセルを抽出する領域をクリックして、そこにポイント選択を配置します。
4. 実行しますPlugins > Process > Find Connected Regions。
5. を選択Start from point selection?して に変更Stop after this number of regions are foundし1ます。
6. をクリックしOKます。

そのプラグインのドキュメントがいくつかあります(これはずっと前に書いたものです)。接続された領域を見つけるために非常に単純なアルゴリズムを使用しますが、多くの目的には十分です。