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github の README.md ファイルを変更しました。
試しgit pull origin masterてみると、そのエラーが表示されます:
git pull origin master
error: unable to unlink old 'README.md' (Permission denied)
つまり、ディスク上の既存の README.md がプログラムで開かれているため、git はそれを削除できません。