Charles が述べているように、PHP はサーバー側で、Javascript はクライアント側です。ACR122U をどちら側に配置するか (クライアントまたはサーバー?) を指定していません。
クライアント側の統合 (Javascript) の場合、Javascript を使用してデバイスに直接アクセスすることはできません。Web ページで実行するには、署名付きの Java アプレットを作成する必要があります。このアプレットは、Java スマート カード API を使用して ACR122U にアクセスし、ページ上の JavaScript とのインターフェースもとることができます。このページの「その他のリソース」->「Java」を参照してください。
PHP と smarcard アクセスについてはよくわかりませんが、このライブラリは有望に見えます。
また、リーダーがキーボードのように機能し、提示されたカードの内容を出力するだけだと思っているかもしれません。磁気ストライプ リーダーやバーコード リーダーのようなものです。これは事実ではなく、実際にはそれよりも複雑です。必要な情報を要求するには、APDUと呼ばれるコマンドをカードに送信する必要があります。
要件を詳しく説明していただければ、もう少しお役に立てるかもしれません。
**編集** Javascriptは最近サーバー側でも実行できます:)