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read.table 関数を使用してデータのテーブルを R に読み込もうとしたときに、非常に奇妙な問題に遭遇しました。実際のデータが読み取られるのではなく、見出し ÿþD の下に NA 文字の 1 つの列が表示されます (コードや入力ファイルのどこにもありません)。私のコードとデータファイルは以下の通りです。この奇妙な結果が得られる理由について何か提案があれば教えてください。私は何時間も探していましたが、何も思いつきませんでした。

コード:

Raw_Annotation_data_AllDeer<-read.table("Sample.txt", as.is=TRUE, row.names=NULL, 
                                         check.names = TRUE, sep="\t", fill=T, header=T, 
                                         strip.white = T, quote = "", na.strings = "NA", 
                                         comment.char="")

ファイル (最初の 5 行):

Document_Name   Sequence_Name   Track_Name  Type    Name    Sequence    Minimum Min_(with_gaps) Maximum Max_(with_gaps) Length  Length_(with_gaps)  #_Intervals Direction   Average_Quality Coverage    modified_by Polymorphism_Type   Strand-Bias Strand-Bias_>50%_P-value    Strand-Bias_>65%_P-value    Variant_Frequency   Variant_Nucleotide(s)   Variant_P-Value_(approximate)
Chr2_FT Chr2    Chr2.bed    CDS 10000_ARHGAP15  GAAAGAATCATTAACAGTTAGAAGTTGATG-AAGTTTCAATAACAAGTGGGCACTGAGAGAAAG    55916421    56019336    55916483    56019399    63  64  1   forward         User                            
Chr2_FT Chr2    Chr2.bed    CDS 10001_ARHGAP15  GATACCACTGTACTATGCAGAAATCTACAAATTCTGATATCCCTGTGGAAACACTGAATCCCACCCGCCAAGGCACTGGAGCTGTGCAAATGAGAATCAAAAATGCCAACAGCCACCATGACAGGCTGAGCCAAAGTAAATCTATGATCCTCACCGAAGTTGGGAAGGTCACTGAACCT 55936395    56039336    55936573    56039514    179 179 1   forward         User                            
Chr2_FT Chr2    Chr2.bed    CDS 10002_HNMT  CTGACACAATAATAATGAGAATCTTAGCATTGGTAGCTAAGAGACTATGGAAGAATTTCAGGGTAGCTGGGATGTCTTTAACATAATACAGCAT  61980947    62093615    61981040    62093708    94  94  1   forward         User                            
Chr2_FT Chr2    Chr2.bed    CDS 10003_HNMT  CTGAATCATATGAATAAAGTCCCACCTCTGAAGTTCTTTTTTCTCCATCATTCTATTTTGATATTCAGATGATGTCTCTTTATGCCAAGCAAACTTTATGTTCTCAAGGTTTGATGTCTTTGCTACAAGCT 61986120    62098794    61986250    62098924    131 131 1   forward         User                            
Chr2_FT Chr2    Chr2.bed    CDS 10004_HNMT  CTTTGTACTTGGTGATTTGTTCAGCACTTGGTTCAACAACTTCATTGATGATATGAACTCCTGGGTACTGAGCTTGCACTTTGGAGAGAATTTGAAGGTCAATTTCAC    61987773    62100453    61987880    62100560    108 108 1   forward         User                            
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ヘッダー行の「#」(comment.char)がデータにある場合は、問題が発生する可能性があります。しかし、check.names()はそれを捕らえたようです。これは「機能」します(sep="\t":の削除後

Raw_Annotation_data_AllDeer<-read.table(text="Document_Name   Sequence_Name   Track_Name  Type    Name    Sequence    Minimum Min_(with_gaps) Maximum Max_(with_gaps) Length  Length_(with_gaps)  #_Intervals Direction   Average_Quality Coverage    modified_by Polymorphism_Type   Strand-Bias Strand-Bias_>50%_P-value    Strand-Bias_>65%_P-value    Variant_Frequency   Variant_Nucleotide(s)   Variant_P-Value_(approximate)
Chr2_FT Chr2    Chr2.bed    CDS 10000_ARHGAP15  GAAAGAATCATTAACAGTTAGAAGTTGATG-AAGTTTCAATAACAAGTGGGCACTGAGAGAAAG    55916421    56019336    55916483    56019399    63  64  1   forward         User                            
Chr2_FT Chr2    Chr2.bed    CDS 10001_ARHGAP15  GATACCACTGTACTATGCAGAAATCTACAAATTCTGATATCCCTGTGGAAACACTGAATCCCACCCGCCAAGGCACTGGAGCTGTGCAAATGAGAATCAAAAATGCCAACAGCCACCATGACAGGCTGAGCCAAAGTAAATCTATGATCCTCACCGAAGTTGGGAAGGTCACTGAACCT 55936395    56039336    55936573    56039514    179 179 1   forward         User                            
Chr2_FT Chr2    Chr2.bed    CDS 10002_HNMT  CTGACACAATAATAATGAGAATCTTAGCATTGGTAGCTAAGAGACTATGGAAGAATTTCAGGGTAGCTGGGATGTCTTTAACATAATACAGCAT  61980947    62093615    61981040    62093708    94  94  1   forward         User                            
Chr2_FT Chr2    Chr2.bed    CDS 10003_HNMT  CTGAATCATATGAATAAAGTCCCACCTCTGAAGTTCTTTTTTCTCCATCATTCTATTTTGATATTCAGATGATGTCTCTTTATGCCAAGCAAACTTTATGTTCTCAAGGTTTGATGTCTTTGCTACAAGCT 61986120    62098794    61986250    62098924    131 131 1   forward         User                            
Chr2_FT Chr2    Chr2.bed    CDS 10004_HNMT  CTTTGTACTTGGTGATTTGTTCAGCACTTGGTTCAACAACTTCATTGATGATATGAACTCCTGGGTACTGAGCTTGCACTTTGGAGAGAATTTGAAGGTCAATTTCAC    61987773    62100453    61987880    62100560    108 108 1   forward         User                            ", as.is=TRUE, row.names=NULL, check.names = TRUE, fill=T, header=T, strip.white = T, quote = "", na.strings = "NA", comment.char="")
于 2012-12-28T22:27:05.623 に答える