PthreadsPHP拡張機能に問題があります。ZTSを有効にしてPHPをコンパイルし（--enable-maintainer-zts）、peclを介してpthreadをインストールし、拡張機能を手動でコンパイルしようとしました。
使い方がわからないようです。PHPでThreadクラスを他の組み込みクラスと同じように使用できると思いましたが、PHPがそれを認識しないため、運がありません。POSIX関数は機能しているようです。
私はmod_php5.4.6でUbuntu12.10サーバー64ビットを使用しています。
拡張クラスにアクセスできない場合は、ロードされません。
バグレポートを開いたと思いますが、configure行の形式が正しくないと回答しました。
使用する構成行は次のとおりです。
./configure --enable-pthreads --enable-maintainer-zts
上記のコマンドは、DSOとしてpthreadをビルドします。
./configure --enable-pthreads=static --enable-maintainer-zts
上記のコマンドは、pthreadを静的にPHPにビルドします。
どちらも5.3、5.4、さらには5.5でも同様にサポートされています。
さらに、システムインストールを上書きする場合は、特定--prefixのを使用する必要があります。たとえば、php実行可能ファイルがに/usr/binある場合（「どのphp」で確認できます）、--prefix=/usrシステムインストールが上書きされます。
古いインストールをクリーンアップします（ソースがまだ利用可能な場合はアンインストールしてください）。もう一度やり直して、システムのインストールを上書きするか、これを完全に分離しているかを確認してください。
解決したら、バグレポートを更新してください。