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SS_cons を複数のアラインメント (ストックホルム、Rfam) から Biopython で回復する方法を知っている人はいますか? ファイルは AlignIO オブジェクトとして読み込まれます。次の形式で複数のアラインメント (1990 シーケンス) をインポートしています。

BAAY01001440.1/1679-1604                   ....................GG.CU.G.U.G.AC.G.C.AA.AGC.U..A
BABD01024787.1/545-457                     ....................CA.UA.A.G.G.UC.G.C.AA.AGC.C..A
AAUQ01092265.1/84-10                       ....................GG.CG.G.G.G.AC.G.G.AA.AGC.C..A
#=GC SS_cons                               ....................>>.>>.>.>......>.>....<<<.<...
#=GC RF                                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~.gg.cg.g.g.G.AC.G.C.AA.AgC.c..A

私はもう試した：

record.letter_annotations('secondary_structure')

しかし、私は得る：

TypeError: '_RestrictedDict' object is not callable

各シーケンスに二次構造がある場合にのみ呼び出しが利用できる可能性がありますが、ここではそうではありません。とにかく、SS_cons を回復するために離れている必要があると思います。ご協力いただきありがとうございます！

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典型的な Python 辞書のように、この角括弧を使用する必要があります。

record.letter_annotations['secondary_structure']

Python は、関数またはメソッドの引数 (または Python の用語では呼び出し可能オブジェクト) に丸括弧を使用しますが、これは関数またはメソッドではありません (これは、Python の例外が伝えようとしていることです)。

ただし、個々のレコードではなく、アラインメント全体のプロパティである必要なものは得られません - https://redmine.open-bio.org/issues/3387を参照してください

于 2012-12-30T10:10:27.930 に答える