質問への回答:はい、違いがあります ( JavaDocを参照)。
最初のバージョンでは、行の配列要素ごとに 1 つのオブジェクト インスタンスが配置されます。したがって、このインスタンスへの変更は、配列の同じ行のすべての要素に表示されます。i ClassB合計でインスタンスがあります。
2 番目のバージョンは、独自のインスタンスを各配列要素に入れます。i*j ClassB合計でインスタンスがあります。
コードの最初のバージョンは次と同等です
for (ClassB[] classB_1Array : classB_2Array) {
    ClassB instance = new ClassB();
    Arrays.fill(classB_1Array, instance);
}
この情報がお役に立てば幸いです。私はあなたのペーストビン コードを見ていませんでした。
編集:
あなたの誤解を明確にするために、このプログラムの出力をよく見てください。
import java.util.Arrays;
public class ArrayFiller {
    public static void main(String[] args) {
        // your first version:
        Person[][] yourFirstVersion = new Person[2][2];
        for (Person[] array : yourFirstVersion) {
            Arrays.fill(array, new Person("Mike"));
        }
        System.out.println(Arrays.deepToString(yourFirstVersion));
        yourFirstVersion[0][1].setName("Paul");
        System.out.println(Arrays.deepToString(yourFirstVersion));
        System.out.println("-----");
        // equivalent: my version:
        Person[][] myVersion = new Person[2][2];
        for (Person[] array : myVersion) {
            Person person = new Person("John");
            Arrays.fill(array, person);
        }
        System.out.println(Arrays.deepToString(myVersion));
        myVersion[0][1].setName("Thomas");
        System.out.println(Arrays.deepToString(myVersion));
        System.out.println("-----");
        // your second version
        Person[][] yourSecondVersion = new Person[2][2];
        for (int i = 0; i < yourSecondVersion.length; i++) {
            for (int j = 0; j < yourSecondVersion[i].length; j++) {
                yourSecondVersion[i][j] = new Person("Max");
            }
        }
        System.out.println(Arrays.deepToString(yourSecondVersion));
        yourSecondVersion[0][1].setName("Chris");
        System.out.println(Arrays.deepToString(yourSecondVersion));
    }
    private static class Person {
        private String name;
        public Person(String name) {
            System.out.println("Constructor called for " + name);
            this.name = name;
        }
        public void setName(String name) {
            this.name = name;
        }
        @Override
        public String toString() {
            return name;
        }
    }
}
出力は次のとおりです。
Constructor called for Mike
Constructor called for Mike
[[Mike, Mike], [Mike, Mike]]
[[Paul, Paul], [Mike, Mike]]
-----
Constructor called for John
Constructor called for John
[[John, John], [John, John]]
[[Thomas, Thomas], [John, John]]
-----
Constructor called for Max
Constructor called for Max
Constructor called for Max
Constructor called for Max
[[Max, Max], [Max, Max]]
[[Max, Chris], [Max, Max]]