質問を理解するのは少し難しいですが、ある種の管理されたレイアウトペイン( StackPaneやVBoxなど) にグループがあると思いますが、グループのレイアウト値がレイアウト ペインによって設定されることは望ましくありません。 -- この場合、グループを管理対象外にすることができます。
たとえば、次のコードでは、グループの管理されていない性質により、通常 StackPane が親 StackPane 内の中央に配置するように設定する 50,60 のレイアウト座標ではなく、0,0 のレイアウト座標を持ちます。
Group group = new Group(new Rectangle(100, 80));
group.setManaged(false);
StackPane container = new StackPane();
container.setMinSize(StackPane.USE_PREF_SIZE, StackPane.USE_PREF_SIZE);
container.setPrefSize(200, 200);
container.setMaxSize(StackPane.USE_PREF_SIZE, StackPane.USE_PREF_SIZE);
container.getChildren().add(group);